1187的朱熹出任江南西路提點(diǎn)刑獄公事，管理贛州（今贛縣）、江州（今九江）一帶地方的司法、刑獄、監(jiān)察、農(nóng)事等方面的事務(wù)。不久王淮罷去，理學(xué)一時(shí)得勢，朱熹更是仕途順利。
幾年后受宰相趙汝愚推薦，當(dāng)上煥章閣侍制兼侍講，即皇帝的顧問和教師。剛即位不久的寧宗全面肯定了理學(xué)，稱朱為“儒宗”，這反映了茍安江南的南宋企圖以理學(xué)加強(qiáng)內(nèi)部團(tuán)結(jié)的希望。朱熹為寧宗進(jìn)講《大學(xué)》，每逢雙日早晚進(jìn)講，但他借此機(jī)會對朝政多有批評，終于使寧宗不滿，加以干預(yù)朝政的罪名，被逐出朝廷。
1190年朱熹知福建漳州，時(shí)值土地兼并盛行，官僚地主倚勢吞并農(nóng)民耕地，而稅額沒有隨地劃歸地主，至使“田稅不均”，朱熹提出“經(jīng)界”，即核實(shí)田畝，隨地納稅。遭到官僚地主的強(qiáng)烈反對�！敖�(jīng)界”終于未能推行，朱熹憤而辭職抗議。
1193年朱熹任職于湖南，又主持修復(fù)了四大書院之一的岳麓書院。書院在南宋發(fā)展盛行，幾乎取代官學(xué)，這種盛況是與朱熹的提倡直接有關(guān)的。
慶元元年（1195年）朱熹在朝廷的支持者趙汝愚受韓胄排擠被罷相位，韓勢盛極一時(shí)。韓因朱熹曾參與趙汝愚攻擊自己的活動(dòng)，于是發(fā)動(dòng)了一場抨擊“理學(xué)”的運(yùn)動(dòng)。
慶元二年（1196年）葉翥上書，要求把道學(xué)家的書“除毀”，科舉取士，凡涉程朱義理不取。監(jiān)察御史沈繼祖指控朱熹十罪，請斬。朱熹的得意門生蔡元定被逮捕，解送道州。一時(shí)理學(xué)威風(fēng)掃地，被斥為“偽學(xué)”，朱熹被斥為“偽師”，學(xué)生被斥為“偽徒”。寧宗一改舊態(tài)，下詔命凡薦舉為官，一律不取“偽學(xué)”之士。
慶元六年（1200年）三月初九，朱熹終于在家里憂憤而死，享年七十一歲。臨死還在修改《大學(xué)誠意章》，他矢志于樹立自己的理學(xué)，然而生前終未如愿。