目前，學(xué)校設(shè)有建筑學(xué)院、機械工程學(xué)院、能源與環(huán)境學(xué)院、信息科學(xué)與工程學(xué)院、土木工程學(xué)院等34個院系，擁有64個本科專業(yè)，16個一級學(xué)科博士點，95個二級學(xué)科博士點，20個博士后科研流動站，30個一級學(xué)科碩士點，208個碩士點，5個一級學(xué)科國家重點學(xué)科，5個二級學(xué)科國家重點學(xué)科，1個國家重點（培育）學(xué)科，22個江蘇省重點學(xué)科，3個國家重點實驗室，1個國家專業(yè)實驗室，2個國家工程研究中心，6個教育部重點實驗室，4個教育部工程研究中心，8個江蘇省重點實驗室，6個江蘇省工程研究中心，并以此為依托形成了一批重點科研基地。近年來，學(xué)校大力加強學(xué)科建設(shè)，取得豐碩成果。在2002-2004全國學(xué)科整體水平評估中有11個一級學(xué)科名列全國高校前十名，其中建筑學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、藝術(shù)學(xué)、交通運輸工程、控制科學(xué)與工程、信息與通信工程等６個一級學(xué)科進入全國高校前五名。在2006年公布的全國學(xué)科整體水平評估第二輪第一批31個一級學(xué)科中，我校又有六個學(xué)科進入全國高校前十名，其中生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科列全國高校第一名。
在長期的辦學(xué)實踐中，東南大學(xué)不斷加強教育教學(xué)改革，努力推進素質(zhì)教育，著力培養(yǎng)學(xué)生的創(chuàng)新精神和實踐能力。1996年通過“本科教學(xué)優(yōu)秀學(xué)校評價”，是全國首批獲此殊榮的3所高校之一。共有20門課程入選國家精品課程。2004年，在20年強化班辦學(xué)經(jīng)驗基礎(chǔ)上成立了吳健雄學(xué)院。吳健雄學(xué)院依托學(xué)校的重點學(xué)科，匯集學(xué)校一流教師，享用學(xué)校一流資源，采用分級導(dǎo)師制，是東南大學(xué)精英教育的“人才培養(yǎng)特區(qū)”。學(xué)校設(shè)有大學(xué)生文化素質(zhì)教育基地、示范性軟件學(xué)院、集成電路培養(yǎng)基地、電工電子基礎(chǔ)課程教學(xué)基地等四個國家級基地，物理實驗中心、電工電子試驗中心、工程培訓(xùn)試驗中心、計算機教學(xué)試驗中心等四個國家教學(xué)實驗示范中心，并建立了網(wǎng)上遠程教育系統(tǒng)，實現(xiàn)了教學(xué)科研手段的現(xiàn)代化。圖書館面積6.1萬多平方米，藏有各類圖書資料306萬多冊。
東南大學(xué)以“科教興國”為己任，從國民經(jīng)濟和社會發(fā)展的需要出發(fā)，積極開展應(yīng)用基礎(chǔ)研究和重大戰(zhàn)略高技術(shù)研究，已成為在國內(nèi)外具有較大社會影響的高新技術(shù)研究和輻射的
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