但據(jù)裴文中戰(zhàn)后回憶，1941年初，日美關(guān)系緊張，美國大使館勸告美國僑民離華。魏敦瑞決定于4月份回美國，在紐約天然博物院繼續(xù)研究，希望將中國猿人標本帶到美國去。離開中國前，魏和裴文中曾兩次到美國大使館交涉，但因合同的限制，在得到中國政府允許之前，美方不便單獨行動。
1941年8月間，翁文灝代表中國，與美國駐華大使詹森交涉，請他設(shè)法將中國猿人標本由北平協(xié)和醫(yī)學校取出，運存美國，戰(zhàn)后再運回本國。11月中旬，詹森大使致電北平，令他們照辦。
據(jù)當時最后接觸化石的中方人員胡承志戰(zhàn)后報告，在珍珠港事變前，大約在十八至二十一日間，北平協(xié)和醫(yī)學�？倓�(wù)長博文(Bowen)匆匆來到實驗室，要求胡承志速將“北京人”等裝好，要在極秘密之下送到他辦公室。“余當時將早經(jīng)備妥之木箱拿出應(yīng)用，并將房門鎖住后裝箱。該二箱均為白木箱。”“至裝箱之情形，頗為華貴。先將骨骼用擦顯微鏡頭用之細綿紙包好，再用軟紙包著，然后再裹以潔白醫(yī)用吸水棉花后，用粉蓮紙包上，再用醫(yī)用細紗布多層包在外面，裝入小箱，再用吸水棉花填滿，小木箱內(nèi)周圍六面由具有彈性之黃色瓦垅紙數(shù)層包好，一一裝入大箱內(nèi)，用木絲填裝。”兩木箱書以CadⅠ和CadⅡ。兩箱內(nèi)骨骼化石數(shù)為：“北京人”頭骨5個，頭骨片5片，牙齒約130枚，下顎骨約10個，上顎骨1個，及其余零星碎塊之肢體骨等，約數(shù)十塊；上洞史前人頭骨3個，未成年頭骨1個，肢體骨十余個，牙齒數(shù)十枚及零星小骨多件。
裝箱完畢，胡承志“旋即派工友用車親自押送至博文先生辦公室，當面交彼。彼即立刻將兩箱送到‘F’樓下四號之保險室，過夜后即送至美大使館。珍珠港事變前，知道北京人裝出的有胡頓校長、博文先生及息式白小姐(Miss Clair Heirschberg，彼為新生代研究室工作不久之秘書)”�！逗兄緢蟾�“北京人”失蹤經(jīng)過》，中國第二歷史檔案館檔案，全5(2)，卷914。自此，“北京人”化石便下落不明。
關(guān)于“北京人”化石失蹤之謎，有多種解答：“北京人”化石送交美國海軍代運出，傳說該文物在秦皇島附近遭日軍截奪；在天津調(diào)包，流落美國；埋藏在北京；沉沒在海中；在中國民間�，F(xiàn)將中國第二歷史檔案館的有關(guān)檔案，裴文中先生與遺失事件相關(guān)人員的中英文通信，包括11封信件和7份剪報附件，當事人的回憶，以及學者的研究作簡要的介紹，以期進一步探究真相。
關(guān)于“北京人”化石送交美國海軍代運出等情，有資料顯示，美國方面原計劃由美國駐北平海軍陸戰(zhàn)隊帶到美國。1941年12月4日，兩箱化石標本，連同美軍人員的行李27箱，由火車專列從北平運天津轉(zhuǎn)秦皇島，當時由菲利軍醫(yī)負責接管。當天，行李在天津下卸，部分行李存巴斯特研究所，部分行李存瑞士在天津的一家公司內(nèi)。當天，在天津還為海軍陸戰(zhàn)隊員舉行盛大告別會。不幸的是，來接美國陸戰(zhàn)隊的哈里遜總統(tǒng)號船(S.S.President Harrison)在馬尼拉赴秦皇島途中，即12月8日，為日本戰(zhàn)艦追捕，在長江口外觸礁沉沒。
“北京人”的運送，當時是悄悄進行的。1942年9月10日，被日軍驅(qū)散回非洲、原北平協(xié)和醫(yī)學校的負責解剖和新生代方面研究的教授佛騰，在給翁文灝的信中指出，“北京人”頭骨原物等“原擬隨美國駐平海軍陸戰(zhàn)隊一道送往美國。日美開戰(zhàn)后不久，美國陸戰(zhàn)隊隊員在秦皇島當了俘虜。上面提到的化石與美國陸戰(zhàn)隊隊員在一起。這個情況我們是從一位陸戰(zhàn)隊隊員那里得到的，這位接受委托的隊員在北京關(guān)押時恰好闌尾炎發(fā)作，在北平協(xié)和醫(yī)院作手術(shù)。他瞅準機會把消息透露給大夫。從此以后，我就不知道這批物品的下落了”。佛騰教授對其下落作了分析，“12月9日我去解剖系和魏敦瑞博士的研究室，在那里遇到一些日本軍官，但沒被詢問。我判斷日本人完全清楚這些物品的下落。但在7月份，我意外地被日本人召到北平協(xié)和醫(yī)學校，問我是否知道‘北京人’在什么地方。我當然回答‘不知道’。從這次談話中我判斷，‘北京人’或許已被悄悄地運往日本了，所以并非每個對此關(guān)注的人都知道�；蛟S它確實在秦皇島丟失了。”
佛騰在信中還談到日軍破壞的情況，“當日本憲兵隊要用洛克哈特大樓時，他們把地質(zhì)調(diào)查所的物品和圖書統(tǒng)統(tǒng)裝上卡車運到城外空地給扔掉。這些物品很快被老百姓哄搶一空，他們認為這些東西也許值幾個錢。后來福格森博士還買了些上門叫賣的骨骸，……這就是您在任時曾付出巨大心血的那項研究工作的悲涼結(jié)局”�！斗痱v致翁文灝函》1942年9月10日，中國第二歷史檔案館檔案，全375，卷846。有研究認為，新生代研究所的其他標本損失達67箱之多。
1943年3月30日，翁文灝致函文森特，希望美國國務(wù)院和海軍部幫助追查。他還指出，“我們迄今尚未公布這件事是為了避免引起日本人的注意”。
其實，日本人早就注意了。1941年12月8日珍珠港事件前，日本東京帝國大學教授長谷部言人及其助教高井冬二來到北平，高井要求到新生代研究室工作兩周，被獲得同意。12月8日清晨，日本人侵占協(xié)和醫(yī)院，立即派員到解剖系迫使管理人員將鐵柜打開，檢視所有一切后進行封存，并派兵守護。過了幾天，日本占領(lǐng)協(xié)和醫(yī)院的負責人田岡大尉和裴文中面談，追問中國猿人標本存放何處，并說明保險柜中所存放的全是石膏模型。1942年8月下旬，長谷部言人和助教高井冬二再次來到北京，組織周口店調(diào)查所，繼續(xù)開掘。高井帶了一名日本憲兵，向裴文中追問中國猿人的下落。由于化石標本裝運是悄悄進行的，裴文中并不知情，當然也就無從回答。
此時，在北京的日文報，以及《朝日》、《大阪每日》等報刊，在重要新聞欄內(nèi)發(fā)表這樣的新聞：長谷部言人發(fā)現(xiàn)中國猿人標本已被美國人偷去，協(xié)和解剖系保險柜內(nèi)的東西是假的，是石膏制作的模型。這種貴重的東西，原不許運至國外，但美國人不講信義，把它偷走了。也許長谷部言人等人在北平?jīng)]有什么成績，住了一個月，又回東京去了。
1943年4月，日本憲兵密探錠者繁晴(英文名Goargia)找到裴文中，明確表示受日本軍部的命令，負責尋找中國猿人標本。錠者繁晴連續(xù)在3天內(nèi)質(zhì)詢了全體有關(guān)人員。特別是博文因此被日本憲兵隊囚禁了五天，追問沒有結(jié)果。裴文中認為，日本軍方插手此事，是因為長谷部言人在東京運動了要人，令日本軍部找到“北京人”化石。軍部認為錠者繁晴很能干，而讓他承辦此事�！杜嵛闹嘘P(guān)于“北京人”化石標本被劫及失蹤經(jīng)過報告》，中國第二歷史檔案館檔案，全5(2)，卷914。
